Légterelő figyelmeztetés: A terv és/vagy befejező részletek következnek.
A történet Japán Kanagawa Prefecture-jében egy meztelen fiatal lánnyal kezdődik, úgy nevezett Lucyval, aki furcsa körülmények között elszökik egy szigeti kutatási-létesítményből Kamakura partja mellett (amelyben dicloniusokkal kísérleteznek). Lucynak sikerül közönyösen 23 embert (őröket, lövészeket) elpusztítania és feldarabolnia őket (14. a mangában*). Egy orvlövésznek megparancsolják, hogy ölje meg őt, de sikerül visszapattannia a golyónak a fémsisakról, ami burkolja a fejét. Lucy lezuhan egy szirt mellett a tengerbe, és nem találják meg a kutatószemélyzet által.
Lucy nem normális ember, valójában egy Diclonius melyek olyan embereknek egy mutáns változata, akiknek van két kicsi szarvuk a fejükön, és telekineticus hatalmakat birtokolnak a Vectorok használatán keresztül melyek olyan karok, amik a dicloniusoktól* függően kiállnak a változó számmal rendelkező hátakról és a hatókörzet hosszából.
Másnap egy fiú, Kouta, megérkezik Kamakurába, hogy találkozzon az unokatestvérével, Yukával. Kouta elérte, hogy tanuljon az egyetemen és ott egy öreg családi tulajban, fogadóban éljen, The Maple fogadóról, gondoskodik, és házfelügyelőként tevékenykedik ott. Miközben találkoznak Yukával, elmennek meglátogatni a strandot. Ekkor bukkantak rá Lucy-ra, aki meztelenül állt előttük, kétségbeesetten. Mindazonáltal az a fej-trauma, amit Lucy tapasztalt, azt okozta, hogy fejlesszen egy tudathasadást, Nyu. Kopár kontrasztban Nyu teljesen szófogadó, ártalmatlan és először képtelen beszélni, csak azt hajtogatja: Nyu. Miközben nem tudják, hogy mit kell tenni vele, Kouta és Yuka elviszik a fogadóba, hogy gondoskodjanak róla…